小行星撞击地球，主要大地受到名为「忍」（シノビ）的毒害，形成异形攻击人类，人们只能逃向以前是海底的「海陆」；拯救的方法唯有复活「机神将」（机神将（ギガロード））。约五百年后，亡国「伊势」的公主巫女雨、与拥有人间兵器「柳生」（ヤギュウ）之血的少年周防二人挺身而出……

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