随着人类大规模的从事宇宙活动，在人工卫星上生活的调整者和在地球上生活的自然人之间的矛盾日益尖锐。在C.E70年2月14日，被后人称之为的“血色情人节”，由调整者殖民卫星组成的专门军事组织“Z.A.F.T.”，即扎夫特，和以大西洋联邦为首的地球联合军终于撕破脸，惨烈的宇宙战争自此爆发。
调整者阿斯兰（石田彰配音）的母亲在“血色情人节”里不幸丧生，让其决定加入扎夫特，参与夺取由地球军秘密研制的新型高性能机动战士的计划。与扎夫特对立的地球军则积极反抗，阿斯兰的儿时好友，同样身为调整者的基拉（保志总一朗配音）偶然中被拉进地球军的阵营，抢夺还未被劫走的高达。在这一系列的行动中，基拉展现了强大的战斗力，也在对立的情况下，和阿斯兰重逢，爱恨纠缠战争与和平的故事就此拉开序幕……

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