被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。
已经得到了八个勋章的小智（松本梨香配音），以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘（大谷育江配音）和同伴小霞（饭冢雅弓配音）小刚（上田佑司配音）刚结束了和训练家的对战，接着收到了一封神秘人的邀请函，邀请他们参加世上最强的小精灵训练家的宴会。地点是新岛宠物小精灵城，这是最强训练家的邀请。他们很痛快的答应了，小智一行人穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛。一位叫乔伊的医生带领他们来到了宠物小精灵城，介绍最强的宠物小精灵训练家出场。没想到出现在大家面前的竟然是超梦。超梦的报复究竟是什么呢，一场大战即将开始......

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